理系大学院生の勉強、研究、日常etc...

私立薬学部卒業、国立の大学院生。バイオ系（？）。機械学習。Python。

NVIDIA,CUDAをインストールしてGROMACSをGPU上で動かす

Linux GROMACS バイオインフォマティクス

環境 Linux：ubuntu22.04 実行は2023年6月。 NVIDIA,CUDAをインストールしてGROMAGSをGPU上で動かす

を目的とした記事です。

初心者向け解説追加&トラブル解決向けですので 基本はリンク先の記事通りに従えばうまく行きます。

NVIDIA, CUDAのインストールだけではトラブルは起きないと思いますが、GROMACSのダウンロードしたバージョンによってはGPUとしてCUDAを認識しなかったり、そもそもCMAKEできなかったりします。GROMACSのCMAKEがうまくいかなかったとしてもNVIDIA、CUDAのインストールからやり直す必要はないです。多分。

NVIDIA

だいたいは

qiita.com

↑ここに書いてある手順で大丈夫です。

自分がインストールした時のトラブルを中心に解説します。

* インストール済みNVIDIA,CUDAを確認

Linuxのターミナルを開いて

sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist-nouveau.conf

と打つと、blacklist-nouveau.confというファイルが強制オープンされるので

blacklist nouveau
options nouveau modeset=0

と入力して保存してください。

sudo update-initramfs -u

これでNouveauが無効化されます。 ここまでの手順は間違えて別のバージョンのNVIDIAをインストールしちゃっても繰り返す必要はないです。心配ならその都度、sudo update-initramfs -uをターミナルに打ってください。

dpkg -l | grep nvidia
dpkg -l | grep cuda

現在、インストール済みのnvidiaとcudaのバージョン情報をターミナルに出力させるコマンド。

何か出力された場合は、全てアンインストールしてください。

sudo apt-get --purge remove nvidia-XXX
sudo apt-get --purge remove cuda-XXX

XXXの部分にはdpkg -l | grep nvidia、dpkg -l | grep cudaで出力されたバージョン情報を入れてください。環境によっては数字だけを入れてもアンインストールされないかもしれません。

libnvidia-XXX

↑こういう感じで出力されます。XXXの部分をコピペしてください。

sudo apt-get --purge remove nvidia-*
sudo apt-get --purge remove cuda-*

また、全て消すのに↑のコードを使っても構いませんが、環境によっては消えないと思います。 私はうまく消せていませんでした。

全てのnvidia,cudaをremoveできたか確認するためにもう一度

dpkg -l | grep nvidia
dpkg -l | grep cuda

を打って何も出なかったら、次に進んでください。

* Linuxに入れる推奨NVIDIAドライバを確認
ubuntu-drivers devices

いくつか出力されると思いますが、私の環境で470ではダメでしたので今回は525を選択。

sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa
sudo apt update
sudo apt install nvidia-driver-525 -y
sudo apt upgrade

そして再起動。

sudo reboot

再起動後、デスクトップの解像度が著しく落ちる時がありますが放置して問題ありません。見づらいですが次に進みましょう。

nvidia-smi

と打って、GPUの使用状況が出てきたら成功です。

それではcudaのインストールに進んでください。

CUDA

qiita.com

CUDAのインストールもここに書いてある手順で大体問題ありません。ubuntuのバージョンで使うコードが異なりますのでよく確認してからコピペしてください。

自分のLinuxはubuntu22.04であったので ubuntu22.04用のコードをコピペ。 リンク先に18.4と20.4用のコードがあります。

wget　https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/cuda-ubuntu2204.pin
sudo mv cuda-ubuntu2204.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/12.0.0/local_installers/cuda-repo-ubuntu2204-12-0-local_12.0.0-525.60.13-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2204-12-0-local_12.0.0-525.60.13-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-ubuntu2204-12-0-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update

自分がインストールした時のcudaバージョンは、11.5です。

sudo apt-get -y install cuda-11.5

Qiitaでバージョン指定する場合のインストールコードで cuda-11-2と書いてありますがハイフン"-"ではなくドット"."に置き換えてください。 ハイフンはエラーになります。

vi ~/.bashrcと打って

export PATH="/usr/local/cuda/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"

パス↑を入力してください。

nvcc -V でバージョンが確認できますが、私の場合はnvcc -V を打つと

sudo apt install nvidia-cuda-toolkit

これを入力するようターミナルに要求されたので打ちました。 こうしてnvcc -V によりバージョンが確認できるようになりました。

sudo apt install nvidia-cuda-toolkitでエラーが起きる場合があるかもしれません。それはCUDAのバージョンとNVIDIAのバージョンとの間で起きている依存関係のエラーで起きています。解決に苦労しました。

NVIDIAとの依存関係のエラー

解決策として；

  • 何が入っているか確認して不要なものを取り除きもう一度別のバージョンを入れる
dpkg -l | grep cuda

でバージョンを確認して

sudo apt-get --purge remove cuda-XXX

で取り除いてください。XXXは不要なバージョン。NVIDIAをインストールした時に自動的にCUDAのAPIがインストールされてしまうようです。過去にNVIDIAをインストールした時の情報が残っているかも。エラーが起きないようでしたらそのままにしてください。 この辺は詳しい人いたらコメントで教えてください…

sudo apt-get -y install cuda-11.5を打つ前にsudo apt-get -y install cudaを打ってしまうと最新版のcudaがインストールされてしまいます。そのあとsudo apt-get -y install cuda-11.5を打っても最新版が認識されてしまうのです。これはdpkg -l | grep cudaで複数のバージョンが入っていることが確認できます。 複数のバージョンが入っていると、依存関係によるエラーが起きる時があります。

必要であればNVIDIAもアンインストールして再度セットし直して良いかもしれませんが大変です。

GROMACS

確かにbrew install gromacs でもインストールはできるんですが、そっちはCPU上で動きます。GPU上でGROMACSを動かすには以下の手順に従ってください。

brewでインストールしたGROMACSはアンインストールしました。 nvidia-smi、nvcc -V　この2つのコマンドが問題なく使えていればGROMACSのインストールを開始してOKです。 エラーが出た場合、再起動。再起動しても治らなかったらこのページの最初からやり直してください。再起動のコマンドはsudo rebootです。

英語ですが。参考にしたページ↓

https://bioinformaticsreview.com/20201111/installing-gromacs-on-ubuntu-with-cuda-gpu-support/

まずは任意のバージョンのGROMACSのzipファイルをダウンロードしてください。

manual.gromacs.org

↑のページからダウンロードできます。バージョンはうまくcmakeできてCUDAをGPUとして認識してくれるものを最終的に選べれば良いです。面倒ですが試行錯誤。 自分は2023年、2022年、2021年、2020年…と試して結局2020.4になりました。

ダウンロードしたら解凍します。解凍用ディレクトリを作ってzipファイルを移動。

自分の場合は

mkdir opt
cd opt

フォルダoptを作り、zipファイルを移動。mvコマンドを使っても良かったんですが手動で移動しました。コマンドでやる場合はmv XXX.zip ./(移動先フォルダ名)/ という感じでできます。

そして解凍。 解凍したらフォルダXXX（GROMACSのzip解凍したフォルダ）に移動してbuildというフォルダを作ってください。

tar xvzf XXX（GROMACSのzipファイル）
cd XXX
mkdir build
cd build

buildに移動したあと、

CMAKEします。

sudo cmake .. -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_GPU=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_PREFERS_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_C_FRAG=mpiicc -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_QMMM_PROGRAM=NONE -DGMXAPI=OFF -DGMX_EXTERNAL_BLAS=OFF -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=OFF

↑スクロールが大変で見づらいと思うので同じものを下に貼ります。ターミナルに打つときは↑のものをコピペしてくだい。

sudo cmake .. -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_GPU=ON

-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_PREFERS_STATIC_LIBS=ON

-DCMAKE_C_FRAG=mpiicc -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON

-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_QMMM_PROGRAM=NONE

-DGMXAPI=OFF -DGMX_EXTERNAL_BLAS=OFF

-DGMX_EXTERNAL_LAPACK=OFF

-DGMX_GPU=ONまたは-DGMX_GPU=CUDAとなるかはGROMACSのバージョン次第です。2020年のは-DGMX_GPU=ONです。多分2021〜22年が境界線で-DGMX_GPU=CUDAじゃないとエラーが起きます。エラー文に従ってください。

正常に完了したら次に進んでください。私の環境では完了までに時間がかかりました。 sudoを打たないとエラーになる可能性があります。

regressionファイルは自分でダウンロード、用意しても良いですが、面倒なので

-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON としました

sudo cmake .. 以降のコマンドは実行環境に合わせてカスタマイズしてください。他のGROMACSのインストールサイトを色々見ましたがそのままコピぺしてうまくいかなかったら適宜コマンドを書き換えたり削除したりしてやり直してください。やり直すときはbuildファイルを削除し、作り直してcmakeを始めてください。

make check

いくつかエラーが起きるかもしれませんが次に進んで問題ありません。

sudo make install

sudo を抜くとエラーになる時があるかも。 インストールが何度も途中で止まってしまうエラーが起きたら別のバージョンのGROMACSを再度ダウンロードするところから始めた方が良いかもしれません。自分の場合、2023バージョンのGROMACSは10％前後で止まり、全然make installできず…

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

このあと、

gmx --version
gmx _mpi --version

gmxまたはgmx_mpiのどちらかのコマンドでバージョンを確認してください。 GPUのところにCUDAと表示されていたら成功です。 GPU のところがenabledになっていたらGPUが認識されていません。 面倒ですが、make installしたGROMACSのデータを消して別のGROMACSのzipをダウンロードし、最初からやり直してください。

GROMACSのダウンロードからやり直す場合

GROMACSのデータの消し方ですが、解凍したファイルを全削除するだけではダメです。

cd /usr/local
sudo mv -r gromacs

localディレクトリに存在するgromacsというフォルダごと消してください。手動ではできませんでしたのでコマンドで無理やりです… 実行環境によっては別のディレクトリにgromacsというフォルダができる可能性もあります。

ここまでやってください。そうしないと新しいGROMACSを入れたハズなのにgmx pdb2gmx --versionで見ると消したはずのバージョンが認識されてしまっている！なんて事態が起きます。 うまく消せていなかった場合はgmx pdb2gmx --versionでダウンロードしたものとは別のバージョンが表示されるので確認してください。

他のトラブルについて

もしここに書いていないトラブルが起きたら？

  • 詳しそうな 他の人に聞いてみましょう。

  • chatGPTに聞いてみましょう

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ブログの利用方法

＊なんか更新が空いてしまったけど多忙でした。

 

 

 

方針

 

ブログタイトルが

＊疾患名＋英語1 →薬学生レベルで基本的な用語、言葉の理解を目的としています。

 

それ以上でアドバンス的なものを書き加えていきたいと思いますが、外科領域は完全に専門外ですので…術式とか分からないんですよね。

英語2以降は洋書読んだり論文や参考文献から学んだ用語を中心にまとめていきたいかな…と思います。

 

創薬領域で研究しているとはいえ、中身はゴリゴリの物理、おもに有機と量子化学、生物（の一部）。シミュレーションし、その結果を機械学習すること（情報科学領域）がメインです。本当に薬学部を卒業した意味がありません…が免許をとったことは後悔していないです！

（release &update:　Sat　3th Jun 2023)

 

英語記事

リンク集；

（準備中）

 

高脂血症　病態と治療薬まとめ

英語解説 Hyperlipidemia

 

 


高脂血症　Hyperlipidemia/Lipidemia 

  • LDL-C　140mg/dL以上
  • HDL-C 40mg/dL以下
  • TG（中性脂肪）150mg/dL以上

L はLow, Hはhigh です。

TG はトリアシルグリセロールです。

上記の数値を大きく逸脱する場合Lipidemiaが疑われます。とは言え、食後に計測するとTGなど高く出る（ときがある？）のですが。

 

🌟これも覚えましょう

LDL: Low-density lipoprotein 　肝→末梢 で移動

HDL: High-density lipoprotein 　末梢→肝　で移動

 

 

続発性Lipidemiaの原因

 

高脂血症治療薬

 

Statins スタチン系

HMG-CoA reductase inhibitor 

Reductase 還元酵素

HMG-CoA →メバロン酸への代謝抑制

コレステロール合成を抑制、LDLを減らす

 

Standard

  • Pravastatin
  • Sinvastatin　CYP3A4阻害薬と併禁
  • Fluvastatin CYP2C9で代謝

Strong

  • Atorvastatin　CYP3A4で代謝
  • Pitabastatin　シクロスポリンと併禁
  • Rosuvastatin　CYP2C9で代謝、シクロスポリンと併禁

肝細胞膜にLDL受容体が増える

シクロスポリンはCYP3A4阻害作用がある

 

 

Fibrates フィブラート系

PPARα agonist

  • Fenofibrate
  • Bezafibrate CKD,透析患者には禁忌

PPARα activate 

↓

LPL 発現量が増加

increasing LPL expression 

↓

LPL を抑制(suppress)するアポリポタンパク質C-Ⅲ 発現（expression） を抑制

アポリポタンパク質C-ⅢはTG 分解（degredation） にかかわる

↓

LPL activate, TG 減少

TG減少はβ酸化を促進することによる

 

抗体医薬品　PCSK9 inhibitor 

Evolocumab エボロクマブ

PCSK9がLDL受容体と結合することを防ぐ。

肝細胞表面にLDL受容体が多数表現すると、血中のLDLを除去できるようになる。

 

現在は日本ではアリロクマブは販売されていません。品質に問題があったとかではなく、アムジェンがもつPCSK抗体の特許侵害による。

 

その他　Lipidemia treatment agents 

 

  • gamma oryzanol　ガンマオリザノール

→コレステロールの消化管からの吸収を抑制

 

  • Probucolプロブコール

→肝臓でのコレステロール合成抑制

→LDL-コレステロールの取り込み＆胆汁酸排泄促進

 

  • 陰イオン交換樹脂

Cholestyramine　コレスチラミン

Colestimide 　コレスチミド

→消化管内で胆汁酸を吸着し、体外へ排泄してコレステロールの吸収を減らす。

→肝臓で合成されたコレステロールは胆汁酸に排泄されるという性質を利用している。

 

Nicomole　ニコモール

Niceritrole　ニセリトロール

TG合成を抑制、LDL低下、HDL増加作用を持つ。

 

  • Ezetimibe　エゼチミブ

小腸コレステロールトランスポーターを阻害

LDLコレステロールを減らす

 

  • EPA:イコサペント酸エチル

血をサラサラにする

コレステロール、TGを減らす

 

TGを減らす作用があるがLDLコレステロールを増やす可能性があるので注意すること

 

 

重要事項があれば追記、アップデート予定。

上記をおおまかに覚えていました。

TGに働くか、LDL,HDLに働くかそれぞれ覚えましょう。

 

乳がん治療薬　＃1

英語解説 breast cancer Oncology

乳がん　Breast cancer

 

腫瘍マーカー：CA15-3、CA125

乳がんはタイプにより治療戦略が変わります。

 

  • ホルモン受容体陽性乳がんには抗エストロゲン薬
  • HER2 陽性乳がんには抗HER2抗体
  • トリプルネガティブ：TNBC（上記に当てはまらないタイプ）には化学療法

トリネガ（TNBC）は乳がん患者全体の15%です。

TNBC：triple negative breast cancer 

 

また遺伝性の乳がん　BRCA1／2

家族性にがんを発症させるLi-Fraumeni症候群もありますが

今回はそれについては述べません。ちなみにBRCAはブラカと読みます。

 

CMF：オペ後補助療法

 

まず、それぞれの3つのパターンにおける治療薬と簡単な薬理について。

ホルモン受容体陽性乳がんの治療

 

LH-RH derivatives 閉経前乳がんのみ

Luteinizing Hormone -releasing -hormone=GnRH

Luteinizing 黄体形成

 

 

  • LHRH -releasing-stimulating peptides 

goserelin　ゴセレリン

Leuprorelin　リュープロレリン

前立腺がんprostate cancer にも適応

 

【補足】

  • GnRH inhibitors, peptides

Degarelix　デガレリクス

Ganirelix　ガニレリクス

こちらはBreast cancer乳がんには適応していない。前立腺がんprostate cancer に対してのみ。

 

 

Tamoxifene　タモキシフェン

タモキシフェンのみ閉経前と閉経後に適応があります。

 

他は閉経後乳がんのみ適応

raloxifene　ラロキシフェン

Toremifene　トレミフェン

Fulvestrant　フルベストラント　※ステムが-estr-となっています。

 

 

Fulverstrant+LHRH agonist+ palbociclib は閉経前乳がんに対して治療できる

Palbociclib はCDK inhibitor、

CDK: cycline dependent kinase サイクリン依存性キナーゼ

-ciclib がステム

 

  • アロマターゼ阻害薬は閉経後乳がんに対してのみ適応

aromatase inhibitor　

Imidazole, triazole derivatives

 

Anastrozole　アナストロゾール

Letrozole　レトロゾール

 

-mestane 

exemestane　エキセメスタン

 

 

HER2 陽性の乳がん治療

HER2は乳がんだけではなく、胃がん、大腸がん、唾液腺がんにおいてもpositiveになることが知られています。

 

  • Trastuzumabトラスツズマブ

ハーセプチン。HER2 positiveの乳がん、胃がん、大腸がん、唾液腺がんに適応。

 

  • トラスツズマブ　エムタンシン　Trastuzumab Emtansine

：カドサイラ　Kadcyla

乳がんのみ適応

エムタンシンは微小管脱重合阻害

 

  • トラスツズマブ　デルクステカン　Trastuzumab deruxtecan

：エンハーツ　Enhertu

胃がんにも適応あり

デルクステカンはカンプトテシン誘導体　

 

カンプトテシン誘導体のステム: -tecan

イリノテカン Irinotecan

 

  • pertuzumabペルツズマブ

大腸がんにも適応あり

 

  • Lapatinib　ラパチニブ

確か、anthracycline系、taxiane系、trastuzumabの治療後の進行性乳がんへ適応。

 

 

トリプルネガティブ　TNBCの治療

 

アントラサイクリン系医薬品、例えばドキソルビシン、それからタキサン系を含むレジメンが奏効率が高いらしいです。が、予後はホルモン受容体陽性乳がんとHER2陽性乳がんと比べると悪いです。この辺は授業で聞いた情報。

 

標準レジメンや症例ごとの最適レジメンは臨床研究が進むほどアップデートされていきますので気になる方は調べてみてください。薬剤師の国試ではTNBCの性質上、薬物治療について問われるとは考えづらいです。

 

一応、下のレジメンは覚えておきましょう。

 

FEC　

フルオロウラシル、エピルビシン、シクロホスファミド

5-FUを抜いたECレジメンも存在する

 

AC

アドリアマイシン、シクロホスファミド

＊ドキソルビシン＝アドリアマイシン　です。

 

 

まとめ

アントラサイクリン系の副作用の心毒性は重要なので副作用で問われるかもしれません。上限量はそれぞれ異なりますがドキソルビシンの場合は500mg／m^2です。

そういえばトラスツズマブにも心臓に毒性がありますね。大学院の中間発表でアントラサイクリン系医薬品レジメンで乳がん治療した患者の心機能についての研究を聞いたのですが、トラスツズマブによる治療をしたかどうかについてあまり話されてなかったので少し残念に思ったことを覚えています。

 

良い記事、良い本がありましたら追記していきたいと思います…

【まとめノート】Rのノート事情

about me 勉強方法 薬剤師国家試験

他人のまとめノート事情はかなり気になります。

 

国試浪人生の部屋では"まとめノート"を見ている人よりは青本に書き込んでいる人の方が多かったような気がする。受験番号を見た限りだと自分と同じ部屋にいた国試浪人生の半分は落ちているという感じでした（そこは既卒生合格率とほぼ同じ

 

紙で書いているまとめノートは下のような感じです。疾患ごとにまとめたページは見出しのためのインデックスをつけます。

Cardiovascular は心臓や循環器系疾患、治療薬についてまとめているページ。enteorogy は消化器内科で使う薬についてまとめているページです。

 

Rのまとめノートサンプル

 

下のページでは特に疾患や薬理に基づいて薬をまとめているわけではなく、問題を解いている途中で間違った事項や覚えてなかった事項を順番に書き連ねたページです。

左上に誤字脱字がありますが、気にしていません。直さずそのままにしています。

 

12月か1月あたりに、書き込んだので字も乱れ気味。

内容は自分にとっては全然理解できるのですが他の人にとっては読みづらそう…

 

↓は漢字が面倒なので略語または英語で書いています。

CLL慢性リンパ性白血病、

fusiongene 融合遺伝子

NSCLC 非小細胞肺がん

TK　チロシンキナーゼ

 

どうでもいいですが、ジェネリックネームよりも先発名の方が言いやすい、書く時文字が少ない場合は先発名を使っています。リュープリン®︎がその例。

自分ウケが１番。

 

ノートの内容の意味は自分で理解できるものであれば良いのです。

間違えた問題のポイントをメモしていくとまた間違えたときに、ここはまだ覚えていなかった、というふうにすぐ気づけます。

 

 

勉強方法は自分にあったものにしよう

 

何時間も机に向かえるか？もちろんできる人もいます。

私はできない方でした。試験直前になれば嫌でもやる気になるので基本は、直前になるまで何もしません。直前になってもそこまでできないのですが、8時間は机に向かうようにしていました。勉強時間が短時間でも授業などでのある程度のインプット量があればかろうじて身につけられるのです。

 

定期試験はどうやって乗り越えたかというと期末試験1回につき2、3科目は再試験になっています。有機化学等理論系は長時間勉強しなくてもある程度取れましたが暗記科目は時間不足で再試前提であったり。そこまで真面目な学生ではありませんでした。

 

大学や予備校の自習室で勉強するのが合っていたり

友達と勉強するのが合っていたり

カフェで勉強するのが合っていたり

図書館で勉強するのが合っていたり

電話しながら、動画やテレビ見ながら、勉強したり…

 

 

他のページ

 

エムトリシタビンEmtricitabineはNucleosides Antiviral　Agentsです。

ここでは書いていませんがAnitineoplasticで-citabineはカペシタビン、ゲムシタビンがあります。浪人中9月ごろ作成ページ。

 

今回はここまで。また別のページを紹介したりするかもしれません。

 

4月時点の薬剤師国家試験対策

about me 薬剤師国家試験 勉強方法

４月も、もう後半に差し掛かりました…

 

 

2024年2月に行われる第109回薬剤師国家試験まであと10ヶ月。

 

６年生の何割かはもうすでに国試対策を始めてることでしょう。

既卒生だと勉強始めるかどうかは微妙な時期？？🤔

 

無理に勉強しろとは言いません！

 

今の時点で始める必要はありません。よほど勉強が苦手でない限りは目の前のやるべきことをやりましょう。

現役時は卒論と院試対策をしておりました。周りは勉強している人が多かったんですが（笑）

 

浪人1年目の時も4月時点では国試対策は全くしていません。

というか受けるかどうかもわからなかったのです。

 

現役時（第107回）国試に落ち、資格なしでも問題なく大学院にそのまま入ったのと、予備校自体に興味がなかったので浪人生の事情についての情報は完全に遮断されておりました。

薬学でない博士課程に居る＆ラボメンバーに薬剤師が一人もいなかったのもあるかもですが。。

 

予備校の存在を知ったのは６月頃。薬学部時代の先輩と会ったのですが、彼女の同級生が予備校通いで107回の国試に受かったと聞いたときでした。

 

学費が100万円以上と聞き、腰抜かす。

 

それもその時（６月ごろ）はまだ、国試を受ける気が無かったのです。毎週、授業のレポートに追われている時期でした。英語がしんどい…

 

あとはプログラミングの勉強を頑張っておりました。

 

現役時に急にやる気がなくなったのは間違いなく卒業試験が早い段階にあったからです。4月、8月、10月、12月（再試験1月）の点数で判定される形でしたが正直なところ、10月までは何もしなくても良かったんじゃないかと思います。卒業試験という形で大学側から勉強を急かされ自分のモチベーションのスタミナが尽きたんだろうなと、今となっては思います。

 

院に居ながら浪人生していたときは自分のタイミングで勉強進められたので現役に比べるとストレスは無かったほうでした。

 

やる気がすぐに擦り切れてしまうので国試一ヶ月前まで、のんびり苦手な範囲だけ勉強して。ラストスパートでかなり伸ばしたと思います。。。

 

模試は金と時間がないので受けてません…とかいいつつ、TOEICはちゃっかり12月に受けた。

 

国試の勉強のためのツールには頼らず合格した人はかなり少ないでしょう。

現役の時、勉強していなかったので…

どこまでやればギリギリ合格できそう、というのを意識しながら無理そうな部分は捨てて、やれば取れそうな部分に時間をかけました。

勉強しなくてもある程度取れるのが物化生でよかった⁠(⁠^⁠o⁠^⁠)⁠

 

でもこれだけは言えます。

現役時にものすごく勉強して、国試に落ちた人は薬ゼミに行きましょう。

またはメディセレや、ファーマプロダクト、RECでもいいでしょう。環境構築は大事。

 

現役時に全然勉強しなくて落ちた人、あと数点足りなかった人は予備校行かなくてもいいと思います。。。たぶん！

 

院進したのに国試に落ちたら？

 

大学院に行ける人にとっては予備校に通う必要はないと思いますので、大学院に受かったのに国試に落ちてしまった…という人（かなり少数派？）は研究室のチューターと相談して国試の勉強スケジュールを決めたほうがいいでしょう。

 

私は1月から研究活動を休ませてもらっていました。

 

現役時に勉強したことが少なくとも頭に残ってると思います。なので、秋〜冬スタートで間に合うでしょう。その時までは国試のことは一旦忘れて研究、授業、自己研鑽に集中しましょう！！

 

正直、院生は忙しいです。予備校のオンライン授業を聞く暇は無いので、お金の無駄になるかもしれません。そんなお金があるなら専門書代に充てるべき…だと思います（マジな話）

 

 

結局のところ

モチベーションを国試当日まで維持するためのメンタル管理が大事！

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免疫疾患　英語1

英語解説 autoimmune disease

Immunology 免疫学

 

autoimmune disease　自己免疫疾患　

 

ここでわかると思いますがimmun(o)-が"免疫"を表しています。

 

主な自己免疫疾患

 

systemic lupus erythematosus;SLE　全身性エリテマトーデス

ノートに書くときはいつもSLE と略しています。名前にループスが入っています。ここからループス腎炎が予後を左右すると覚えておきましょう。

 

lupus nephritis　ループス腎炎　

Sjögren's syndrome　シェーグレン症候群

Rheumatoid Arthritis;RA 関節リウマチ

Basedow's disease バセドウ病

Behcet's disease　ベーチェット病

Collagen disease/connective tissue desease;CTD 膠原病

Crohn's disease　クローン病

Ulcerative colitis　潰瘍性大腸炎

type 1 diabetes　1型糖尿病

 

治療は主に免疫抑制剤

 

Immunosuppressant　免疫抑制剤

suppressは抑制です。

 

(steroid Agents) adrenocortical hormone　副腎皮質ホルモン（ステロイド）

 

  • calcineurin inhibitor　カルシニューリン阻害剤

Cyclosporin　シクロスポリン

Tacrolimus　タクロリムス

 

  • Metabolic inhibitor 代謝阻害剤

methotrexate　メトトレキサート

Mizoribine　ミゾリビン

Azathioprine　アザチオプリン

 

また、抗体医薬品Antibodiesもあります。

 

  • TNF-α antagonists 

Adarimumab　アダリムマブ

Infliximab　インフリキシマブ

Golimumab　ゴリムマブ

主にRA (関節リウマチ）、あとはクローン病

receptorに対するantagonistではありません。ひっかけ問題でよく出ます。

 

 

  • interleukin-6 (IL-6) receptor antagonists

sarilumab　サリルマブ

Tocilizumab  トシリズマブ

Covid-19感染におけるサイトカインストームにも使われていました。RA (関節リウマチ）

 

  •  α4β7-integrin inhibitor

vedolizumab　ベドリズマブ

潰瘍性大腸炎に使えます。

 

  • JAK inhibitor ヤヌス（janus)キナーゼ阻害剤

Tofacitinib トファシチニブ

Delgocitinib　デルゴシチニブ

 

こちらも覚えましょう

  • etanercept　エタネルセプト

完全ヒト型可溶性TNFα/LTαレセプター製剤

two p75 TNF receptors fused to the Fc portion of human IgG

 

  • Abatacept　アバタセプト

T細胞上でCD80/CD86に結合してCD28への作用を阻害する。

 binds to CD80 and CD86 then inhibit to interaction with CD28 on T cells

 

 

（追記していきます）

 

 

 

オンコロジー　英語1

英語解説 Oncology

オンコロジー　Oncology

オントロジー(ontology)は情報科学。混同しないようにしましょう。

 

薬学生低学年ではあまり聞きませんでしたが、3年以降になるとよく聞くようになります。Oncology は現在のカリキュラムだと低学年では学ばないところが多いと思います。

 

Oncology とは？

腫瘍学。主に薬によるがんの治療のことや腫瘍内科のことを指すことが多いです。

onco-が「がん」を表します。

腫瘍内科医はOncologist

製薬会社のオンコロジー部門は抗がん剤の創薬に特化した部門です。絶対に狭き門だ。

 

  • Oncogene　がん遺伝子

RAS　ラスと読む

APC(colorectal cancer)

BRCA(breast cancer)　ブラカと読む

また、

ErbBファミリーにはEGFR,HER2が分類されています。覚えましょう。

 

プチ情報

Erbitux(cetuximab)はErbBから命名されています。セツキシマブはEGFRに対するモノクローナル抗体なので命名理由には納得。読み方はアービタックス！（エルビタックスでも良いかもしれませんが、日本語ではアービタックスで商標が登録されています）

 

  • Antioncogene　がん抑制遺伝子

RB,p53が有名

 

「がん」を表す英語

 

Cancer がん

carcinoma　（固形の）がん

Sarcoma　 肉腫

Tumor 腫瘍

 

似たような意味ですが定義は異なります。

 

Tumor はbenign（良性）、malignant（悪性） 両方とも含みます。

Tumor のうち、malignant であるものがCancer

Tumor のうち、上皮由来のものがcarcinoma です。

例えばLeukemia（白血病） はcancer ですがcarcinoma ではありません。ですが、Breast cancer（乳がん） はcarcinoma です。

 

ちなみに、

Sarcoma は骨肉腫のような、骨か筋肉から発生するcancer のことです。

ついでにこれもメモしましょう。

 

Adenocarcinoma　腺癌

Squamous cell carcinoma;SCC 扁平上皮癌

 

SCC は扁平上皮癌の腫瘍マーカーです。

 

Carcinoembryonic Antigen; CEA は消化器がんにおいてよくpositiveとなるマーカーです。だからといって本当に「がん」があるとは限りません。

 

Cancer :覚えると便利な略語

 

Non-small cell lung cancer:NSCLC 非小細胞肺がん

small cell lung cancer:SCLC　小細胞肺がん

漢字を書くのが面倒なので、gefitinib →NSCLC のようにノートに書いていました。

 

他にも

Hodgkin lymphoma:HL　ホジキンリンパ腫

Non-hodgkin lymphoma:NHL　非ホジキンリンパ腫

Hepatocellular carcinoma :HCC 肝細胞癌

 

などなど。気になるのがあったら調べてみましょう。

 

書籍紹介

 

↓がんについて勉強するための本では一番おすすめです。病院実習の時、薬剤部に置いてありました。

がんがみえる

がんがみえる

  • メディックメディア
Amazon

 

↓こちらも薬剤部にありました。前投与の医薬品の情報もあったような。

使う機会がないので自分用には購入しませんでしたが、病院薬剤師なら持っておきたいでしょう。

改訂第7版がん化学療法レジメンハンドブック〜治療現場で活かせる知識・注意点から服薬指導・副作用対策まで

改訂第7版がん化学療法レジメンハンドブック〜治療現場で活かせる知識・注意点から服薬指導・副作用対策まで

  • 羊土社
Amazon

 

推奨レジメンは臓器によっては毎年かわるものもあれば、ずっと変わらないものもあります。

腎細胞がんは推奨レジメンが毎年アップデートされるらしい（ということを泌尿器科の先生から聞きました。）

 

プチ余談。

腎細胞がんはpembrolizumabがPD-1の発現にかかわらずなぜか有効だそうです。

（2023年4月時点の情報）

 

about me

about me

R です。

 

about me 

高校の時の得意科目は数学だったかもしれない。暗記科目以外はなんかできる。

有機化学は勉強してないけどフィーリングでなんとなく出来た科目でした。

 

大学受験では

とりあえず情報系か数学系を学ぼうとするも全落ち

↓

薬学部は物理、化学、生物もあるんだー、チーム医療、臨床研究は楽しそうかなー…

という適当な気持ちで薬学部に志望を変更

↓

私立大学の6年生薬学部に入る

↓

パズルのように面白いと感じていたので

有機化学系の研究室に入る

↓

合成物がヒットするかわからない

↓

合成実験がめんどうくさいと感じるようになる

↓

アッセイ結果を予測できるなら良いと考え、計算化学に興味を持つ

↓

国立大の医学博士課程に入学👈イマココ

 

1浪、0留です。薬剤師免許あり。

 

Rはめんどくさがり

 

面倒臭い→最適化したい！という気持ちが常にあります。

古いやり方でも熟練することで確かに、時間短縮にはつながりますがそれ以外のアプローチも試すことでoptimizationは進んでいくものです。

 

Rは片付けが苦手

 

プリントの整理が全然できません。あまりにもプリントを無くすので大学2年（2017年）からiPadを導入。当時は大学で使っているのは少数派でした。授業ノートのルーズリーフを整理するのに時間がかかり、勉強よりそっちの方が時間かかっていたと思います。

基本的にノートもiPadで取ります。

 

大学5年あたり（2020年）でiPad派が爆発的に増え始めました。

 

机の上、パソコンのデスクトップは常にごちゃごちゃしています。もちろん、定期的に片付けるようにしています。

 

Rはわすれんぼう

 

教科書、よく忘れます。

提出物、メールの返事も忘れます。

 

メールフォルダをマメに確認して返事忘れがないように気をつけています。

忘れてはいけないものは付箋でメモして机の周りやパソコンに貼るようにしました。

教科書は一部、電子化しました。

iPadでノートと同時に教科書を開けない場合を考慮すると紙のままにしているときもあります。

 

RのQiita,GitHub

アカウント自体はあります。

ここに何かを書けるようになりたい。ある程度書けたらリンクを貼ろうかな。

 

 

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薬剤師国家試験対策で使った参考書メモ

about me 薬剤師国家試験 勉強方法

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薬剤師国家試験の対策のために買ったものをメモ。

 

基本はiPad で勉強していましたが

まとめノートは紙＆Notability

暗記カードはGoodNote5のみ

です。

 

現役時代

 

浪人時

※最新の青本青問（2023年版）は買いませんでした。

※過去問解説100回目の問題はやっていません

 

回数別過去問解説は薬ゼミ出版に限らず、みなさん必ず買うと思うのでここでは深く述べません。

 

青本＆青問

https://www.yakuzemi.ac.jp/reference

ここで入手。

現役のときはほとんど解いていません。大学に薬ゼミの講師が来るので買わされたものです。

講義自体、ほぼ聞いていなくてメモがほとんどなく…大部分がスキャナで取り込んだままでした。

4月〜7月の薬ゼミ講義で何をしていたかというと…英語の勉強、Netflix、アマプラ、気になった新薬を調べる、院試と卒論の準備などなど。

 

浪人時は

昨年取り込み済みの青本、青問があったので

とりあえず青問の衛生を一周やった。覚えていなかったところはコピーしてまとめノートに追加していく。

また間違えたり、追加の情報があればその上に書き込んだりマーカー引いたり。

 

薬理と薬剤、病態は過去問でできてない部分のみ青問を一回解いた程度。

 

  • 薬理はGPCRアゴニスト、アンタゴニスト, ホルモン関連薬
  • 薬剤は製剤、計算の公式
  • 病態は循環器系、糖尿病治療など

 

現役時にまとめていたノートを再度まとめたり、青問にもどって図や解説をまとめノートにコピーしたり。

 

衛生と薬剤のまとめノートはnotability で作り、印刷して紙のノートに貼ることが多かったのですが、薬理学、病態は青本にある病名や薬品名、薬理、酵素が英語で書いていないので読みづらく感じ、ほぼ１からつくることに。病態と薬理は別々にまとめず同じノートでまとめるほうが好きでした。

わざわざ印刷したのは、国試の会場ではiPadは休み時間に見る暇がないからです。試験時は電源を落とさないといけないので再起動を待つ時間がもったいないです！

 

あとは単純にマーカーで色塗り、情報をアノテートしていくのは紙の方が楽でした。

 

紙のまとめノート

日本語の曖昧な表現：’作用する’＝workが説明文に入っていると正確に薬理を覚えられませんでした。そのため、agonistかinhibitかpromoteかblockかきちんと書くようにしました。

 

ステムの元やEGFR,VEGFなどを対象としたTKI、SSRI,SNRI,ARBなど薬理の略語がお薬のジャンルとして分類されているのでその大元を覚えないと記憶と結びつけて覚えられず。

それから単純に漢字を見るより英単語のほうが書く量が少なくなり記憶の定着がよかったのもありました。fusiongene＝融合遺伝子とかglaucoma=緑内障　などなど…漢字より書くのが楽なワードが多いです（個人的な意見

 

領域別問題集

https://www.yakuzemi.ac.jp/reference

ここで入手。

暗記部分がシンプルにまとめられてるのでおすすめします。でも直前期には使わなかったかな。

 

物理は分析化学、放射性医薬品が苦手で生物は代謝とエネルギー産生が苦手でした。

ゴリゴリの暗記が面倒に感じてしまうのです。

 

最低限覚えておく事項と、解答解説で記憶を補強。

 

とはいえ…

大学院に入ってから生物系の授業をとったおかげで、遺伝子発現の部分は勉強せず 乗り越えられた🧬

物理の大部分は研究で主に使うのでこちらもほぼ勉強せず。

正直、物理化学生物には時間をかけていません。それでも国試における得点率は50%を少し超えるくらいでした。合格すればなんでも良いのです。

 

必須問題集I,II

 

薬剤師国家試験対策 必須問題集I 2024

薬剤師国家試験対策 必須問題集I 2024

  • 評言社
Amazon

 

現役のときの12月頃に買った参考書。（当時は2022年版）

卒業試験に向けてこういう形式の問題を確実に拾えるようにという目的で買いました。

衛生と薬剤がどうしても苦手なのでその部分だけ解く。

 

浪人時には化学以外の部分を繰り返し解く。

初見で、できなかったところは付箋、

２回目もできなかったらマーカーでマーク、

継続して解けたらチェックつける。

 

できなかった部分はそのままにせず、関連情報を青本で拾っていく。

 

 

薬単

薬剤師国家試験のための薬単 試験にでる医薬品暗記帳 第2版

薬剤師国家試験のための薬単 試験にでる医薬品暗記帳 第2版

Amazon

薬理や薬品名を覚えられていない薬がないか探す時用。また新薬が載ってるので取りこぼしが少なくなるかもしれません。

昔は使われていたけど今は使われていない（製造販売中止）という情報もあったような。最近の国試ではそういう薬品は出ないような気がします。でもスキサメトニウムは除く。

 

 

国試対策で使った本の紹介は以上となります。

あまり買っていないことに驚かれるかもしれませんが、対策にはこれだけで十分なのです。

まぁ、ギリギリを狙うのではなく、良い点数を取るにはもっと青本は取り組んだ方が良いです。

 

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